川滇两省的之间的争执虽远没有结束，但大局已定，袁世凯决定不出兵西藏，滇军只有撤军。到10月16号，滇军已全部撤回云南。此时的川边，大部分地方已被尹昌衡的征西军拿下，只剩下藏军的大本营定乡（乡城），稻坝（稻城，定远麾下:【原创】稻城之路，再发投名状）和公噶岭（贡嘎岭）一带尚未解决。已拿下的地方，多也不太稳固，时常发生反复。大致的局面是，官军基本上能守住一些重镇，藏军则一群群地伏匿山林，截断道路，抢掠四方，时不时地围攻一下城里的官军。各地土司纷纷复辟，川军虽占了地面，然而赵尔丰的经营建设，始终不能够恢复。

9月20号，袁世凯致电蔡锷，明确表示政府决定放弃用武力来解决西藏问题，“援藏一节，现饷款难筹，英人干涉，民国初建，岂容轻启外衅”。

9月24号（八月十四），拉萨周围的藏军突然向守城川军发起了猛攻，川军的地盘在一天内被压缩到只剩下钦署和第穆寺一带，拉萨守军在已经断粮的情况下，第二次被围。

9月27号，英国政府就西藏问题，根据1906年签订的《中英续订藏印条约》，向民国政府提出抗议，要求中国军队停止西征。民国政府的回答是：“本政府已电令征西军司令官尹昌衡，停止进军，静候待命。”而《中英续订藏印条约》的第二款为：英国国家，允不占并藏境及不干涉西藏一切政治。中国国家，亦应允不准他外国干涉藏境及其一切内治。

其实，早在8月31号，征西军先头部队刘瑞麟抵达昌都时，政府就给尹昌衡下了命令，不得冒昧轻进。那时候，政府还有一种幻想——在征西军的活动范围不超过江达（赵尔丰边军到达的最西点）的情况下，不战而屈人之兵,“江达距离只有拉萨八日，我军一抵江达，则拉萨之围自解。”

但不进攻取的就是守势，川边地方广袤，各地驻守之兵无多，防守极难。康藏交界之盐井、江卡、乍丫、巴塘等都为双方反复争夺之地。藏军东部以定乡（乡城）为中心，常常是数千人出动，四处骚扰，西部背靠藏中，更是肆无忌惮，集结僧俗，虎视眈眈。

定乡（乡城）迟迟不下，已成为周围动乱的根源。中央迭电催促尹昌衡进攻乡城，尹昌衡只得道出苦衷：

尹昌衡之前散布赵尔丰的受难照（赵为尹所杀），康民人人恨之，加上川军又颇淫掠，是以无人愿意支应乌拉。初出关的军士，不习惯关外之苦，疾病也多。川军小队，常有被藏军合围而全军覆没者。实际上，收复川边各地，主要还是靠解围之后的那些边军。即使边军，也因欠饷械坏，战斗力不复从前。倏忽之间，已入寒冬，关外大雪封山，天寒地冻，初入关之川军，更不能战，乡城附近的藏军要在很久以后才被逐渐平定。

尹昌衡的主力（包括边军的一部分），从11月起，在昌都和驻扎在恩达的藏军大军对峙，藏人此时已有不少英人支持的新式枪械，川军想要再前进一步都是无比地艰难，更何况大总统迭次电令勿入藏境致启衅端。此时，拉萨的城中的守兵，烹子而食，盼望援军盼到了“指山凹雪化处之黑影为救兵，指夜间流星为川军之号灯”的地步。

护理西藏办事长官陆兴祺，数次要求政府派精明强壮之官兵入藏，拯救拉萨守军：

拉萨城中等不来援兵，粮食又尽，终于穷极思变，冒险攻取尧西，扣压了达赖的家眷，以此为资，官民数百人逃出生天。钟颖一行于1912年12月18号离开西藏，他的出藏之路，是一步三回头，心有不甘，意犹未尽。他多么渴望，事情在他返程途中忽逢转机，而他可以重返拉萨，他以处理撤退军民事务为由，就赖在边境上，拖一天算一天。英人藏人轮番来下逐客令，他就换一个地方再拖，从拉萨到靖西，从靖西到亚东，从亚东到朗惹，从民元12月到民二4月下旬，藏人再次把他包围，收枪，不卖粮，而同时，他的免官电报也到了。他终于绝望了，离藏赴印。其实，从拉萨第二次被围到现在，中央的态度已决定了，他的一切努力均无效，一切挣扎均徒劳。

民国元年，川边各地纷纷陷落，糜烂三千里，被困二十营，后虽经尹昌衡西征军克复大半，而赵尔丰之旧制，终不能复。赵尔丰经营的川边之地，尚未沦陷者，只剩泸定、康定、雅江、九龙、道孚、炉霍、丹巴、理化（理塘）、定乡（乡城）、稻城、贡噶、巴安（巴塘）、盐井、德荣、义敦（三坝）、德格、白玉、邓科、石渠、同普、武城（三岩）、察雅（乍丫）、昌都、贡县（贡觉）、恩达、甘孜、宁静（江卡）、瞻化（瞻对）和九集（类乌齐）二十九县矣，设川边镇守使管辖之。

西康形势图

民国二年到三年（1913年10月 - 1914年7月），西姆拉会议召开，讨论所谓中藏边境事宜。中国政府代表陈贻范没有在条约上正式签字，该会议破产。

民国六年（1917年），边藏又起纠纷，驻守昌都的彭日升因割草小事和藏中开打。从1917年7月到1918年4月，9个月间，边军和藏军激战。时川边镇守使为陈遐龄，自到任之日，今日连川，明日连滇，而川滇皆知其狡猾，不推诚相与。昌都激战九个月，陈遐龄不发援兵一名，不济粮饷一颗，为自保计（怕川滇来攻），反而调兵入炉城。藏兵得知我后方空虚，乘机四起，倾全军之力入寇。1918年4月，彭日升被俘，边军八、九个营覆没，官兵阵亡数千人，十二县（昌都、类乌齐、恩达、察雅、贡县、武城、石渠、邓科、同普、德格、白玉、宁静）失守，史称“民七大溃败”。此时，仍在川边镇守使管辖之下的，仅余巴安、理化、泸定、康定、雅江、九龙、道孚、炉霍、丹巴、定乡、稻城、贡噶、盐井、德荣、义敦、甘孜和瞻化十七县矣。巴安（巴塘）为赵尔丰最先实行改流的地方，根基较深，是以双方虽数次相争，而终得归我。最初，赵尔丰经营川边之时，边军的粮饷毫无亏欠。自民国二年（1913），至民国七年（1918年），边军欠饷，累计已达一百二十万两。民国七年（1918年）8月，在英国驻华副领事台克曼的调停下，边军和藏军签订了停战合同十三条。此后，川边之定乡、德荣二地，虽名在我治下，实已成匪窟。

民七边藏两军在昌都的对峙

民七边藏两军在绒坝岔（甘孜西边）附近的对峙

康藏之间的各种界限

从左到右依次为：

1）赵尔丰军力所达之线，1914年（西姆拉）中国所要求的界限，线上重要城市：江达

2）1912-1917年间，实际控制线

3）内地和西藏的历史分界限，1727（雍正五年，派设驻藏大臣的第一年）-1910

4）1918年，实际控制线

5）汉藏“民族分界线”，1914年（西姆拉）西藏所要求的界限，线上重要城市：打箭炉（康定）