当时的周院长，乘着南巡的春风，大搞改革。之前的科学院工资应该是和所有事业单位一样的。改革后课题组要上交工资，水电费，房屋费。没有课题的人只好搞横向课题弄钱。别说这样还催生出一批公司来，这也许就是“一院二制”所达到的目的吧。几年后，搞起公司来的人都基本上先富起来了。没纵向课题没横向收入的人都调走了，有课题的人抗着，反而是收入变化不大的群体。行政管理人员是旱涝保收，不用交工资房屋和水电费用。当然如果科研人员上交结余经费到所里，可以拿到40%的提成。这样多的人每年可以拿到5万以上（93年的时候呀）。没课题，没经费的人连办公室都没有，工资发基本工资的60%。不过总体来说从92年到97年是科学院工资变化比较大的一段时间，这应该不是周光召的功劳，全国都一样吧。这段时间科学院人员流失比较严重。

到了98年，陆院长上台，搞了个“知识创新工程”，进入创新的人，工资立马翻几倍；进不了的人，工资原样。搞了大约4,5年，120多个所合并成了80多。还是行政人员占便宜，大部分行政人员照样进创新，工资收入高于进入创新的一线科研人员，活干不了可以聘请没进入创新的人来干。其他没进入创新的科研人员的只好自谋出路。进入创新的科研人员还要每年考核，末位淘汰，降入下一级。全院同类型的所也搞评比，末位的减少拨款。好像04年以后又不考核不搞淘汰了。总之，不管怎么搞，被折腾的都是真正搞科研的一线人员啊。